Presenter が View を持っているのはおかしくないでしょうか。プロトコルを介して保持しているということでしょうか？

私の説明不足ですいません。仰る通り、プロトコルを介して保持しています。

この「状態」は Entity や Interactor が持っているべきものではないですか？

そこもよく理解できていません。 DatabaseやUserDefaultに永続化するデータはEntityとしてInteractorから保存/取得するものだと理解しています。ただメモリ上にもっておきたいだけのデータ、例えばラジオボタンのように、どのViewが選択されている、といった状態もInteractorから保存/取得すべきなのでしょうか。