多分ですがそこは関係ない気がします．デフォルト挙動が -swift-version 6 になるのは swift-tools-version: 6.0 以上に設定されている時だけだったはずで，swift-syntax の swift-tools-version は 5.7 で他の Package@*.swift も無いので．そうなると，Swift SDK を使っている場合特有の問題なのか，ビルドする際の他のフラグだとかが原因だったりしないかというのが気になりますね． https://github.com/swiftlang/swift-package-manager/pull/7469