Package.resolvedをコミットしていないリポジトリにいつの間にかPackage.resolvedが生成されたり、知らないうちにPackage.resolvedが更新されたりしてたりしたのが不思議だったのだけど、SourceKit-LSPを入れたVSCodeでワーキングコピーを開いてたからだった。