下記がエラーになる件、

/Users/omochi/work/swift-source/build/Xcode-ReleaseAssert/swift-macosx-x86_64/Release/bin/swiftc -apinotes -yaml-to-binary -o /Users/omochi/work/swift-source/build/Xcode-ReleaseAssert/swift-macosx-x86_64/Release/lib/swift/macosx/x86_64/ScriptingBridge.apinotesc -target x86_64-apple-macosx10.9 /Users/omochi/work/swift-source/swift/apinotes/ScriptingBridge.apinotes

出力先 /Users/omochi/work/swift-source/build/Xcode-ReleaseAssert/swift-macosx-x86_64/Release/lib/swift/macosx/x86_64 が存在してなかったが、 /Users/omochi/work/swift-source/build/Xcode-ReleaseAssert/swift-macosx-x86_64/Release/lib/swift は存在していたので、 mkdir してやったら、いけました。