イマイチ処理のフローがイメージできてないけど、
mutating func encode<T>(_ value: T, forKey key: KeyedEncodingContainer<K>.Key) throws where T : Encodable こいつが呼ばれるときに一度 JSONEncoder に処理が戻って、そこから Encodable.encode が呼ばれるか判断されるってことやんね？