ReactiveSwiftがUIとCoreの両方にリンクされるから重複になってる、のかな。ちょっと違うとしても最終的に１回ずつリンクされるように作る必要がありますね。その解決方法でも良いと思いますし、一番わかりやすいのはアプリの方ですべての依存ライブラリをリンクすることだと思います。