そうですねー、Package.swift のロード（実行）のコマンドは https://github.com/apple/swift-package-manager/blob/106115d356f750223dbd4419c3f39f8fc2da66f7/Sources/PackageLoading/ManifestLoader.swift#L310-L329 この辺だと思っていて、そこでconfigurationを渡していないようなので。渡すようにしたPR出すのはありやなしや。

The Package Manager for the Swift Programming Language - apple/swift-package-manager