https://github.com/apple/swift-package-manager/blob/235aacc514cb81a6881364b0fedcb3dd083228f3/Sources/PackageGraph/PackageGraph.swift#L23-L33 この辺で Set 使っていてこの PackageGraph から諸々生成しているので、ランダムシードの影響受けるのは必至なのですが、手元で試した限り env SWIFT_DETERMINISTIC_HASHING=1 swift package generate-xcodeproj でも阻止できないので、やっかいですね。

The Package Manager for the Swift Programming Language - apple/swift-package-manager