generate-xcodeprojした際CYamlターゲットのmodule.modulemapにフルパスが含まれる問題、Swift 4.2のスナップショットでswift package generate-xcodeprojするだけで解決する様になりました。GeneratedModuleMap/CYaml/module.modulemapを削除してくれませんが、生成されたXcodeプロジェクトはmodule.modulemapを使わなくなるので、リポジトリから削除可能になります。