ああ原因わかったかも、と言うか私の勘違いでした 
♂️ 弊社環境構築のスクリプトで、XcodeのSwiftPackageあるかどうかをみてるのはxcodeprojかxcworkspaceの中に.swiftpmがあるかどうかで判定していますが、そもそもXcodeGen使ってるから初期状態では.swiftpmが存在しないので、環境構築のスクリプトでそもそもパッケージが解決されてなかったからXcode開くときにパッケージの解決してるんだった ♂️ お騒がせしました
♂️ 弊社環境構築のスクリプトで、XcodeのSwiftPackageあるかどうかをみてるのはxcodeprojかxcworkspaceの中に.swiftpmがあるかどうかで判定していますが、そもそもXcodeGen使ってるから初期状態では.swiftpmが存在しないので、環境構築のスクリプトでそもそもパッケージが解決されてなかったからXcode開くときにパッケージの解決してるんだった ♂️ お騒がせしました
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