もしかして、システム環境設定 → セキュリティとプライバシー → プライバシー → フルディスクアクセス に ターミナル.app が入ってませんか？ 私の環境では入れてないので Operation not permitted になりますね
$ sudo ls ~/Library/Cookies/ ls: : Operation not permitted$ sudo ls ~/Library/Cookies/ ls: : Operation not permittedsudo ls ~/Library/Cookies/Cookies.binarycookies は通るのか…$ sudo file ~/Library/Cookies/Cookies.binarycookies .../Library/Cookies/Cookies.binarycookies: cannot open: Operation not permitted