ARKitのARSCNViewとかが該当しますね。原因はStoryboardだけからWKWebViewやARSCNViewをインスタンス化する場合はコードでまったく使ってないからAuto Linkが働かないことによります。なので、どこかのコードで import WebKit して WKWebView をコードからインスタンス化しているようなことがあったら、WebKit.FrameworkやARKitをマニュアル操作でリンクしなくてもAuto Linkが働くので動きます。ただ、最適化の有無で変わったりするのでエラーが起こった場合は明示的にリンクするようにするのが安全ですね。