PKPaymentViewController と言っているのはこれのことですか

あぁそうです。正しくは PKAddPaymentPassViewController でした。手元の検証機iPhone X (iOS 12.1)では、アプリ内でApple Pay登録処理 > 登録完了 > 決済シートが表示の流れで動作していてエラーは確認していませんね