Apple Payのアプリ内で設定する方法、調べていった結果permissionをAppleから付与してもらう方式は昔の話で、今は異なっていました。最新の方法では、PKPaymentViewControllerをただpresentするだけで良く、端末にカードが登録されApple Payが使える → 決済シートが表示される端末にカードが登録されておらずApple Payが使えない → Apple Pay登録の画面が表示される → Apple Pay登録完了すると決済シートが表示されているまた、この挙動は実機のみで確認可能で、少なとくもiOS 11以上から自動でこういう遷移を行ってくれる様子。