コードで遷移させてます。

これがどういう方法でやってるかで状況が変わってきそうです。 NavigationControllerのpushだったら、NavigationController自体はpresentのスタックにおいてある1段だけを維持してますが

6:47 AM

window.rootViewController = vc　とかをやっていると、

6:48 AM

その時点で過去の遷移スタックがなくなってたりします。