そういう場合MyFrameworkのユーザ側では Sub1.Hoge と Sub2.Hoge で扱うか、ソースファイルごとに import MyFramework fileprivate typealias Hoge = Sub1.Hoge とかやるしか無いと思います。それかパッケージをわけてMyFrameworkSub1とMyFrameworkSub2を作る。その上でMyFrameworkも作って、MyFrameworkSub1とMyFrameworkSub2をexportすれば、ユーザ側で import MyFrameworkSub1 とできるようになります。