上記の件、一応解消できたので報告。Macの初期化までして色々試してもだめでしたが、cocoapodsやfastlaneを管理するGemfileやvendor/bundleフォルダを削除すると正常にビルドできるようになりました。fastlaneをつかったモダンなデプロイ環境は一旦諦めることになってしまいました。なぜ、Gemfileやvendor/bundleフォルダがあると、上記のエラーが頻発する（エラーがでないときもある）のかはわからなかったです。いつもswiftのコンパイルが始まると上記のエラーになるので、もしかするとswiftのコンパイラーと私のGemfile等の設定の相性が悪いのかもしれません。どこかのブログでobjcとswiftの混合プロジェクトにおいて、swiftファイル数が多くなるとビルドに失敗することが多くなるといった記事を見かけたので、それも原因の一つかもしれません。ちなみに、エラーの起きていたプロジェクトの構成は objc (1194ファイル)でswift(378ファイル)あります。全てswiftにするまでの道のりは結構険しい。