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今更見たんですが、SwiftGenのCarthage対応というのはナンセンスというかできないですね。tarunonさんが言っているようにCocoaPodsではCLIツールのバイナリを配布してて、Carthageが対応してるのはあくまでビルド済みのframeworkのバイナリなので、CLIツール用の仕組みではないです。
12:26 PM
なんかそういうissueが上がってるのを見た気がする。