ありがとうございます！ rootと自身以外のViewControllerがあればremoveするようにしたら理想の動きになりました。 (HogeViewControllerをUIHostingControllerでラップした途端に壊れそうで怖いですが、、、)

class HogeViewController: UIViewController { override func viewDidLoad() { super.viewDidLoad() self.navigationController?.viewControllers.forEach { if !($0 is UIHostingController<HogeRootView>) && !($0 is HogeViewController) { $0.removeFromParent() } } } }