find /Library/Ruby/Siteを実行してみたら大量に出てきたので、表示されているファイルだけ残して全て削除した後に env -i HOME=$HOME PATH=/usr/bin:/bin GEM_HOME= GEM_PATH= bundle install --path=.bundle を実行したら、

A new major version is available for Algolia! Please now use the https://rubygems.org/gems/algolia gem to get the latest features.

と表示されました。これは成功したということでしょうか？