すみません、自己解決できました。このように、Podfileを書くときに各Target内でどのprojectなのか明記してあげればよかったみたいです。

workspace 'App.xcworkspace' target 'App' do project 'Sources/App/App.xcodeproj' use_frameworks! install_pods target 'AppTests' do inherit! :search_paths end end target 'Feature1' do project 'Sources/Features/Feature1/Feature1.xcodeproj' install_pods target 'Feature1Tests' do inherit! :search_paths end end def install_pods use_frameworks! pod 'Firebase/Core' pod 'Fabric', '~> 1.10.0' pod 'Crashlytics', '~> 3.13.0' end