確かに現時点だとそもそもiOS機を取り入れたばかりでうちの会社しかアプリを納品する予定がない状態ですが、今後増えたときのことも考える必要がありますね。こちらを見ると配布用証明書は複数生成できるとのことなのですが、アプリごとに証明書を分けて生成するということはできないんでしょうか。 https://developer.apple.com/jp/documentation/IDEs/Conceptual/AppDistributionGuide/DistributingEnterpriseProgramApps/DistributingEnterpriseProgramApps.html

アプリケーションを開発、テスト、配布する作業の流れを説明しています。