うちはApp Storeに出しているアプリを一部カスタマイズしたものをお客様のIn Houseで提供することがあるのですが、その時はだいたい (3) みたいですね。カスタマイズ部分以外の既存開発部分については、ライセンス的にお客様に提供できないソースもあって (2) はできないんですよね。