B, C, Dの依存は実行時には存在しないので、そうなると思います。そして、私はその解決は利用者がやるべきとする方が普通だと思います。なので、そのライブラリAのセットアップ手順として、別途CocoaPods/Carthage/ビルド済みフレームワークなどで、B, C, Dをリンクしてください、と書いておく、とかがまあ基本かと思います。そうはしたくないというのであれば、Carthageだとそれ以上は難しいと思います。 CocoaPodsだと任意のスクリプトを動かせる仕組みがあるのでなんとでもできますけど。