確かにその場合はモジュール名が参照できなくなるので上記では解決しませんね。トップレベルのstruct User { } に対してTypealiasを設定するというのはどうでしょう？

struct User { } typealias U = User // これを追加する。 struct Nest { // TopレベルのUserにしたいがNest.Userになってしまう let user: U // typealiasで参照する struct User { } }