これはビューをはがしているだけでNavigationControllerが管理しているViewControllerのスタックがそのままなのですでに壊れてますね。ビューをはがすのではなくてNavigationControllerが持つviewControllersプロパティを変更します。

2:09 PM

PushするたびにviewControllersにViewControllerが追加されて、PopでviewControllersから取り除かれるのですが、viewControllersプロパティは自分で状態をセットできます。典型的には途中から再開したりするためですが、今回のような目的にも使えます。