カスタムフォントを使用するにはフォントをアプリに同梱してInfo.plistにフォントの名前と場所の記述を追加するだけなので難しいことはまったくないです。全体で使えるかというとほとんどの場所では使えますが、AlertやActionSheetなどOSのコンポーネントでフォントを変更できるようなAPIが提供されてない部分には使えません。デメリットはシステムフォントとNoto Sansで表現力に大した違いはないのであらゆる画面でそのフォントを使用するという手間をかけるのに見合うかどうかだと思います。