私の言う下とは重なり的な下ではなくそのままNavigationBarの下と言うことでした

^ こちらですね。Appleのサンプルでは自然に見せるためにもともとの透過をなしに、下部の境界線（shadowImage）を削除、追加したビューにもともとのNavigation Barにあったような1ピクセルの境界線を追加、のようにして見た目を整えるテクニックが示されていました。