おそらくですが，/Applcations/Xcode.app が select されているのに /Applications/Xcode.app が存在していないということがエラーの原因だと思います．存在するものが select されてさえいれば，必ずしも開きたい Xcode が select されている必要はないはずですよ． (edited)

11:40 PM

select されているパスが実在しないということが問題なのであれば，指定するバージョンを変えるたびに select し直す必要はないと思います．