0.0.1をチェックアウトしてswift package resolveをした時点で、.build/workspace-state.jsonにSPMDepLibの0.0.1使っているという情報が保存されます。 0.0.2をチェックアウトしてswift package resolveすると、ワーキングコピーよりもworkspace-state.jsonの情報を優先して、Package.resolvedのSPMDepLibを0.0.1に戻すのだと思います。