DBに都合が良いデータ構造と、ドメインモデルを適切に表現できるデータ構造が必ずしも一致しないので。

これについては、SwiftDataはクライアントサイドなので、サーバーサイドとは少し事情が異なると思います。たとえば、DB上でUserがpasswordHashを持っていたとして、それをクライアントサイドまで持ってきたくないですが、APIを叩いて得られたUser（passwordHash等は含まない）をSwiftDataにキャッシュして使うようなことを考えると、ドメインモデルとSwiftData上のデータ構造は一致しやすいように思います。