以前から 1.0.0-dev を macOS 上で使ってますが，/usr/bin/* を優先するか swiftly の bin ディレクトリを優先するか次第ですね．前者なら xcode-select で select したものが呼び出されます．前者であっても swiftly でインストールされたツールチェーンは Xcode が認識してくれるので Xcode 上での使用は問題なかったと思います．私は /usr/bin/* を優先させてますが，swiftly run swift +main-snapshot build とかみたいに swiftly run コマンド経由で swiftly でインストールされた swift も実行できるので両方を使えてますね．