それをインデックスしているのが https://github.com/apple/swift/blob/6d7fe7fb/lib/Index/Index.cpp#L1175 で、これのコールサイトを調べると https://github.com/apple/swift/blob/6d7fe7fb/lib/Index/Index.cpp#L639 ここだけで、これは ValueDecl にしか呼ばれず、 ExtensionDecl は ValueDeclじゃないので extension についた - Tag: はインデックスされないという問題っぽい。

swift - The Swift Programming Language

swift - The Swift Programming Language